แม้รากฐานของมัสยิดและการสอนศาสนาในพื้นที่จะมีมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2495 แต่ศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด (ตาดีกา) โต๊ะทูวอ บาซาเอ ได้เริ่มจัดการเรียนการสอนอย่างเป็นทางการและเป็นระบบเมื่อวันที่ 15 พฤษภาคม พ.ศ. 2535 โดยในระยะแรกอาศัยสถานที่ของโรงเรียนตลาดนัดบาซาเอเป็นการชั่วคราว มีครูผู้สอนเริ่มต้นเพียง 5 ท่าน ภายใต้การนำของท่านผู้อำนวยการ อับดุลตอเละ สิเดะ

ต่อมาในปี พ.ศ. 2541 จำนวนนักเรียนเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง ชุมชนและคณะกรรมการมัสยิดโต๊ะทูวอจึงได้มีมติร่วมกันสร้างอาคารเรียนที่ถาวรและได้มาตรฐาน โดยเกิดจาก ความศรัทธาและการร่วมแรงร่วมใจของชุมชนที่ร่วมบริจาคครอบครัวละ 500 บาท จนก่อเกิดเป็นอาคารเรียนที่สง่างามและใช้งานมาจนถึงปัจจุบัน

ผู้ปกครองสามารถดำเนินการสมัครเรียนให้บุตรหลานได้โดยไม่มีค่าเล่าเรียน ตามขั้นตอนดังนี้:

1. 1

   แจ้งข้อมูลผู้สมัคร

   ระบุชื่อนักเรียน วันเดือนปีเกิด ชื่อและเบอร์โทรศัพท์ผู้ปกครอง

2. 2

   เตรียมหลักฐาน

   สำเนาสูติบัตร สำเนาทะเบียนบ้าน และรูปถ่ายขนาด 1 นิ้ว 1 รูป

3. 3

   รายงานตัววันเสาร์

   นำเอกสารมายื่นที่ศูนย์ฯ ในวันเสาร์ เวลา 08.00 น.